O oncologista André Murad (foto), diretor clínico da Personal - Oncologia de Precisão e Personalizada, em Belo Horizonte, é primeiro autor de dois trabalhos selecionados para apresentação em pôster no AACR 21 que descrevem a experiência institucional com a biópsia líquida Guardant360 e com o PCR digital em gotas (ddPCR) para decisão terapêutica em tumores sólidos avançados.

O GUARDANT360 é um ensaio de sequenciamento digital de última geração de molécula única com capacidade de detectar mutações somáticas, fusões de genes e variações no número de cópias com sensibilidade requintada. No estudo, seu desempenho foi avaliado em 90 amostras de plasma de 45 pacientes (2 para cada paciente) com tumores sólidos avançados já refratários à terapia convencional.

A taxa geral de detecção de variantes somáticas patogênicas potencialmente acionáveis ​​(PVPA) em ctDNA aproximou-se de 64% (29 pacientes) para todas as indicações; a faixa de mutações de ctDNA detectáveis ​​foi de 0,03% -57%. No total, foram detectadas 50 variantes somáticas patogênicas potencialmente acionáveis em todos os 29 pacientes. No câncer colorretal, 12 pacientes (27%) foram testados, e em 10 deles foram encontradas 23 variantes somáticas patogênicas potencialmente acionáveis – 4 KRAS, 1 MSI-H -1, 2 ATM, 1 amplificação do FGFR1, 2 PIK3CA, 1 BRCA1, 2, 4 APC, 1 PTEN, 1 MTOR, 1 NF1, 1 BRAF e 1 MAP2K.

Foram testados 7 (16%) pacientes com câncer de pâncreas, e encontradas 4 variantes somáticas patogênicas potencialmente acionáveis: STK11, AKT1, APC e amplificação FGFR1.

No adenocarcinoma de pulmão de células não pequenas, 6 pacientes (14%) foram testados, e encontrados 4 PVPA: 1 fusão de ALK-EML4, 1 ERBB2 (G776 Delins VC), e ATM. Em 3 pacientes (7%) com câncer de ovário, foram encontradas 3 PVPA, sendo 1 BRCA1 e 2 PIK3CA. No câncer de mama, em 4 pacientes (9%) testados, foram encontradas 7 PVPA em 3 deles: 2 ESR1, 1 PIK3CA, 2 amplificações FGFR1, 2 amplificações ERBB2, e 1 CCND1.

Os pesquisadores também avaliaram pacientes com câncer de cabeça e pescoço (n=2; 4,5%; 1 PTEN, 1 PIK3CA e 1 amplificação FGFR1); câncer renal (n=1; 2 PVPAs encontradas – 1 NF1 e 1 JAK2); câncer de próstata (n=1; 2%; 1 AR), tumor neuroendócrino (n = 1; 2%; 1 ATM); e carcinoma de primário desconhecido (n=2; 4,5%; 1 CDK6 e 1 amplificação FGFR1). “Também testamos um paciente com câncer de vesícula biliar, um GIST, um câncer endometrial, um duodenal, um câncer de pulmão pequenas células e um sarcoma, e nenhuma variante somática patogênica potencialmente acionável foi encontrada”, esclarecem os autores.

“Nossos resultados sugerem que GUARDANT360 é uma tecnologia de biopsia líquida altamente viável, abrangente e sensível e deve ser usada para detecção laboratorial de rotina das variações genômicas importantes para determinar a terapia-alvo em pacientes com tumores sólidos avançados variados, com benefícios claros em comparação com diagnóstico de tecidos”, concluíram.

PCR digital em gotas (ddPCR) 

No outro trabalho selecionado para a AACR 2021, o grupo avaliou a reação em cadeia da polimerase digital em gota (ddPCR), um método promissor para analisar pequenas quantidades de ácido nucleico livre circulante de células (DNA e RNA) devido à sua alta sensibilidade, baixo custo e leitura rápida.

O ensaio cobre as principais alterações hotspot em muitos genes acionáveis, entre eles EGFR (mutações), ALK (fusão, mutações), ROS1 (fusão), BRAF (mutações), KRAS (mutações), NRAS (mutações), PIK3CA (mutações), ERBB2 (CNV- variação do número de cópias), ESR1 (mutações), KIT (CNV) e PDGFRA (CNV).

Até o momento do cut off de dados, foram testados 108 pacientes com câncer metastático: 28 (26%) pacientes com câncer de pulmão de células não pequenas, 22 (20%) com câncer de mama, 22 (20%) com câncer colorretal, 18 (17%) pacientes com melanoma, 8 (7%) pacientes com câncer de pâncreas, 6 (6%) com câncer de ovário, 2 (4%) com tumores em glândulas salivares e 2 (4%) pacientes com GIST.

Alterações genômicas significativas foram detectadas em 38 (35%) pacientes: 10 (9%) mutações no gene KRAS G12V (todas em câncer colorretal), 10 (9%) amplificação ERBB2 (câncer de mama), 4 (3,65%) mutações EGFR L858R (CPCNP), 4 (3,5%) mutações EGFR del19 (CPCP), 4 (3,5%) mutações EGFR T790M (CPCNP), 4 (3,5%) mutações BRAF-V600E (cólon e melanoma), 2 (1,8%) fusão ALK-EML4 (CPCNP). A fração do alelo mutado (do inglês, MAF - Mutant Allele Fraction) variou de 0,9% a 24%. Em todos os casos, os resultados foram decisivos para a indicação ou mudança de uma terapia-alvo. O tempo médio de resposta foi de 36 horas e o custo médio dos painéis foi de cerca de US$ 500 (mediana de 4 genes por painel).

“Nossos resultados sugerem que o dd-PCR é um método altamente sensível e pode ser utilizado para uma detecção laboratorial de rotina das variações genômicas importantes para determinar a terapia-alvo em pacientes com tumores sólidos avançados variados”, concluíram os autores.

Referências:

1 - A Single Institution Experience With Guardant360 Liquid Biopsy for Therapeutic Decision in Advanced Solid Tumors.  Andre M Murad, Jose C Casali-da-Rocha, Juliana G Carneiro. Personal. Oncologia de Precisão e Personalizada - Precision Oncology Clinic and Genetic Laboratory. Belo Horizonte, MG. Brazil 

2 - A Single Institution Experience With Droplet Digital Polymerase Chain Reaction (dd-PCR) Liquid Biopsy (LB) for Therapeutic Decision in Advanced Solid TumorsAndre M Murad, Jose C Casali-da-Rocha, Juliana G Carneiro. Personal. Oncologia de Precisão e Personalizada - Precision Oncology Clinic and Genetic Laboratory. Belo Horizonte, MG. Brazil