As descobertas iniciais do estudo Circulating Cell-free Genome Atlas (CCGA), o maior estudo de detecção precoce de câncer baseado em cfDNA, mostraram que é possível o desenvolvimento de um exame de sangue altamente específico para detecção precoce do câncer. Os resultados foram apresentados no AACR Annual Meeting 2018.
"Os dados iniciais sugerem a possibilidade de desenvolver um teste de rastreamento para múltiplos cânceres com especificidade muito alta, potencialmente superior a 99%", afirmou Alexander Aravanis, primeiro autor do estudo e vice-presidente de pesquisa e desenvolvimento do GRAIL, empresa focada na detecção precoce da doença.
Aravanis e colegas utilizaram dados do estudo CCGA, um estudo prospectivo, observacional e longitudinal em mais de 140 locais diferentes nos Estados Unidos, que analisa amostras de sangue de participantes com diagnóstico recente de câncer e participantes sem câncer conhecido. O estudo envolveu mais de 10 mil participantes, e a expectativa é chegar a 11 mil indivíduos.
O sangue foi coletado de participantes com diagnóstico recente de câncer sem tratamento prévio (C, caso) e participantes sem diagnóstico de câncer (noncancer [NC], controle), conforme definido no momento da inscrição. Este subestudo pré-planejado incluiu 878 casos, 580 controles e 169 controles técnicos de ensaio (n = 1627) em 20 tipos de tumores e todos os estágios clínicos.
Após o isolamento do DNA livre de célula, as amostras foram analisadas usando três métodos de sequenciamento distintos: sequenciamento alvo, para medir variantes de nucleotídeo único (SNVs) não sinônimas e indels (inserção e deleção) em trechos específicos do genoma; sequenciamento de todo o genoma, para medir mudanças no número de cópias em todo o genoma; e sequenciamento de bissulfito de todo o genoma, para medir padrões aberrantes de metilação. Todos os três testes foram realizados a partir de uma única coleta de sangue.
Um sinal ‘cancer-like’ foi encontrado em menos de 1% dos participantes que entraram no estudo sem diagnóstico clínico de câncer, sugerindo a possibilidade de desenvolver um teste com uma especificidade maior que 99%.
Nos três ensaios testados, a força do sinal aumentou conforme o estádio da doença. Aravanis explicou que variantes de DNA além daquelas geradas por um tumor cancerígeno também podem estar presentes no DNA livre de célula, o que poderia levar a um sinal falso-positivo. Uma fonte dessas variantes é a hematopoiese clonal, um processo comum relacionado à idade que resulta em variações no DNA da população de glóbulos brancos (WBC).
Como uma grande fração do DNA livre de células vem dos leucócitos, os pesquisadores também sequenciaram os leucócitos pareados durante o sequenciamento alvo e do genoma completo. Desta forma, foi subtraído o sinal gerado a partir dos glóbulos brancos para se concentrar precisamente nas variantes do DNA relacionadas ao tumor. Os SNVs/indels da população WBC representaram 66% e 78% de todas as variantes dos participantes com e sem câncer, respectivamente. "Este é um importante aprendizado no contexto da detecção precoce do câncer. Nós temos a capacidade de identificar essas variantes de DNA não derivadas de tumor e removê-las, resultando em um sinal mais limpo com resultados mais específicos", observou Aravanis.
Os pesquisadores encontraram uma média de 1, 2,4 e 6,5 SNVs/indels não sinônimos por megabase em participantes sem câncer, com estádio 1-3 e com estádio 4, respectivamente. Após a análise de sequenciamento do genoma completo, os pesquisadores calcularam uma pontuação de 0, 0,3 e 2 em participantes sem câncer, com estádio 1-3 e com estádio 4, respectivamente. Após a análise do sequenciamento do bissulfito do genoma completo, os pesquisadores calcularam um escore de metilação de 0, 1 e 3,9 em participantes sem câncer, com estádio 1-3 e com estádio 4, respectivamente.
"Encontramos resultados encorajadores que nos permitiram detectar a presença de câncer usando três métodos distintos, com poucos falsos positivos", disse Aravanis. “Este é um bom primeiro passo para o desenvolvimento final de um teste de sangue para detecção precoce do câncer”, concluiu.
Referência: LB-343 - Development of plasma cell-free DNA (cfDNA) assays for early cancer detection: first insights from the Circulating Cell-Free Genome Atlas Study (CCGA) - A. Aravanis et al
