Mesmo anos depois das primeiras análises, a chamada biópsia líquida continua à espera de evidências mais robustas. É o que sugere editorial de Paweletz et al. publicado na JCO Precision Oncology, que discute os resultados do estudo de Stetson D et al.
A genotipagem não invasiva através da chamada biópsia líquida tem sido cada vez mais difundida pelo potencial de ampliar acesso à oncologia personalizada. No entanto, resultados de NGS falsos-positivos ou falsos-negativos a partir de análises do plasma são pouco discutidos, como examinam Stetson D et al. Neste estudo, os autores enviaram amostras de plasma para quatro laboratórios de NGS certificados e compararam os resultados obtidos com análises de NGS realizadas em tecido tumoral, utilizando a plataforma Foundation.
O valor preditivo positivo (VPP) da biópsia líquida contra o tecido variou de 36% a 80%. Nas mutações com fração alélica (FA) menor que 1%, o VPP foi baixo, com apenas 17% em uma das análises. No entanto, os resultados melhoraram quando limitados a mutações de uma fração alélica maior que 1%.
Falsos negativos foram atribuídos à filtragem bioinformática de variantes germinativas suspeitas e limitações da alta relação sinal-ruído. Já os falsos-positivos foram frequentemente atribuídos à heterogeneidade tumoral.
A coorte do estudo consistiu principalmente em tumores em estádio inicial (21 de 24 pacientes tinham EC I e II), que não são a população pretendida para a NGS plasmática.
“Isso pode resultar em um viés estocástico ao comparar amostras de 2 mL, devido ao baixo conteúdo de DNA do tumor”, descreve o editorial da JCO Precision Oncology, lembrando que a sensibilidade dos testes de biópsia líquida está intimamente relacionada a fatores clínicos, como estadiamento e disseminação metastática “O estudo também se concentrou predominantemente em mutações de um único par de bases, com poucas variantes complexas (por exemplo, fusões, indels). Isso dificultou a extrapolação para a NGS clínica, realizada para identificar mutações, indels e fusões segmentáveis”, compara.
Os autores lembram que diferentemente das plataformas de NGS de tecido tumoral, que hoje contam com soluções acadêmicas e institucionais que ajudaram a democratizar o acesso, as plataformas de biópsia líquida ainda são restritas a soluções proprietárias, com limitados estudos de validação analítica publicados.
Em conclusão, a genotipagem não invasiva através da chamada biópsia líquida tem sido cada vez mais difundida pelo potencial de ampliar acesso à oncologia personalizada, mas desafios importantes ainda cercam sua aplicação na prática. “Esses achados sugerem que a maioria das discordâncias dos testes de biópsia líquida são resultado de variações técnicas e, em menor escala, de fatores biológicos, como hematopoiese clonal de potencial indeterminado e heterogeneidade tumoral”, concluem Stetson D et al.
Referências
1 - DOI: 10.1200/PO.18.00408 JCO Precision Oncology - published online March 14, 2019
2 - DOI: 10.1200/PO.18.00191 JCO Precision Oncology - published online March 14, 2019
